Pemikiran kuntowijoyo tentang sejarah, Kuntowijoyo melihat bagaimana sejarah itu secara negatif dan positif. Dalam ilmu pengetahuan sejarah di jelaskan bahwa sejarah negatif itu yang bukan sejarah. Contohnya Sejarah itu bukan mitos, sejarah itu jelas bahwa mitos itu tradisi lisan yang berkembang di masyarakat yang tidak ada kaidahnya dengan penulisan sejarah dan hanya bersifat cerita lisan. Kalau sejarah positif yaitu mengedepankan kaidah-kaidah dalam penulisan sejarah. Kuntowijoyo mengatakan bahwa waktu adalah yang terpenting dari sejarah. Semisal tanggal, tempat dan lain-lain.
Sejarah bukan sastra karena sastra merupakan hasil dari individu yang bersifat subjektif dan imajinasi penulis dan sejarah bukan ilmu alam karena sejarah tidak berhubungan dengan ilmu ilmu bumi. Sejarah hanya satu kali terjadi dan hanya mengurus tentang manusia dan waktu. Sejarah mengkaji tentang manusia pada zaman dahulu. Dalam sejarah positif juga di bahas bahwa sejarah itu perubahan dan perubahan tersebut adalah perubahan besar, contohnya adalah runtuhnya Turki Usmani. Dari sejarah positif dan negatif Kuntowijoyo menyimpulkan bahwa sejarah itu merupakan hasil pengamatan, hasil yang dialami, yang di pikirkan, yang di lewati oleh orang-orang jaman dahulu yang kemudian di rekonstruksi oleh para sejarawan.